Plusieurs ONG nationales et internationales, dont deux américaines, ont été l'objet d'une série de perquisitions de la part des autorités égyptiennes. De plus en plus critiques envers le pouvoir, les États-Unis ont vivement réagi en qualifiant l'opération de "harcèlement". Les ONG dénoncent quant à elles des pratiques pires que celles de l'ancien régime de Moubarak. Officiellement, les perquisitions répondent à une demande «des juges d'instruction chargés de l'affaire des financements étrangers illicites d'organisations non-gouvernementales».

Des manifestants ont pénétré le18 décembre, dans le bâtiment encore fumant de l'Institut d'Egypte, incendié la veille, pour en extraire des manuscrits anciens, dont une partie était brûlée. Le ministre de la culture a qualifié ce sinistre de "catastrophe pour la science", et annoncé la "formation d'un comité de spécialistes de la restauration des livres et des manuscrits quand les conditions de sécurité le permettront". L'Institut a été fondé en 1798 lors de l'expédition en Egypte de Napoléon Bonaparte, dans le but de faire progresser la recherche scientifique. Il abritait quelque 200 000 ouvrages, certains rarissimes, relatifs notamment à l'histoire et à la géographie de l'Egypte.

Le peuple égyptien demande le transfert du pouvoir des militaires aux civils. En réponse, la violence à leur encontre s'accentue. C'est une vidéo insoutenable, le symbole en grandeur nature de l'usage répété de la force par l'armée égyptienne contre les manifestants. Sous les coups de bâton d'un essaim de soldats en uniforme, une femme s'effondre au sol. Traînée sur la chaussée par son long manteau noir, elle échoue torse nu dans son soutien-gorge bleu, le ventre écrasé par les bottes de ses bourreaux.

Une centaine de personnes ont été blessées le 16 décembre dans des heurts entre manifestants hostiles au pouvoir militaire et soldats au Caire, au milieu des premières législatives de l'après-Moubarak dominées par les formations islamistes. Les accrochages avaient commencé très tôt dans la matinée, après qu'un manifestant en sang a raconté avoir été arrêté et frappé par des soldats, provoquant la colère de ses camarades, selon des témoins. Les manifestants campent depuis le 25 novembre devant le siège du gouvernement pour protester contre la nomination de Kamal el-Ganzouri, un ancien Premier ministre de M. Moubarak, pour diriger le gouvernement.

Le blogueur égyptien Maikel Nabil Sanad a été condamné à deux ans de prison ferme et une amende de 200 livres égyptiennes (soit environ 30 dollars) pour "insulte au Conseil suprême des forces armées". Le blogueur, âgé de 26 ans, est en prison depuis son arrestation, le 28 mars 2011, suite à la publication d'un article sur son blog intitulé "Le peuple et l'armée n'ont jamais été une seule main". Il est en grève de la faim depuis plus de cent jours. La semaine dernière, il avait refusé de présenter des excuses publiques à l'armée. Il demeure le premier prisonnier de conscience depuis la chute du régime d'Hosni Moubarak.