Dans une récente lettre au Tribunal pénal international pour le Rwanda (TPIR), Human Rights Watch (HRW) exhorte le tribunal à inculper des responsables militaires du FPR ainsi qu'il l'a fait pour les Hutus responsables présumés du génocide de Tutsis et de Hutus modérés. "Le fait que le tribunal ne se préoccupe pas des crimes de guerre commis par le Front patriotique rwandais risque de donner l'impression qu'il rend la justice seulement pour le vainqueur", a déclaré le directeur du HRW. Selon son organisation, le Haut Commissariat des Nations unies pour les Réfugiés a estimé qu'entre avril et août 1994, le FPR a tué entre 25.000 et 45.000 personnes. A Kigali, les autorités rétorquent que le nombre de victimes imputées au FPR ne reposait sur aucune preuve et relevait de "folles allégations".