Plusieurs ONG nationales et internationales, dont deux américaines, ont été l'objet d'une série de perquisitions de la part des autorités égyptiennes. De plus en plus critiques envers le pouvoir, les États-Unis ont vivement réagi en qualifiant l'opération de "harcèlement". Les ONG dénoncent quant à elles des pratiques pires que celles de l'ancien régime de Moubarak. Officiellement, les perquisitions répondent à une demande «des juges d'instruction chargés de l'affaire des financements étrangers illicites d'organisations non-gouvernementales».