Prince Johnson, l’ancien chef rebelle libérien, a déclaré que la mort de Sankara aurait été décidée par son bras droit et successeur, l’actuel président burkinabè Blaise Compaoré, avec l’aval du président ivoirien de l’époque, Félix Houphouët-Boigny. Blaise Compaore a toujours démenti avoir joué le moindre rôle dans la mort de Thomas Sankara. Selon Johnson, « La seule option pour rester au Burkina puis aller en Libye, était de répondre positivement à la requête de Blaise, c’est-à-dire se débarrasser de Thomas Sankara qui était contre notre présence au Burkina ».